某市市中心有一污染严重的工厂，占地3.2公顷，依据经市政府批准的该地区控制性详细规划，该厂应予搬迁，拟改为商业用地。厂方根据控制性详细规划提出的改建方案经城市规划行政主管部门初审认为可行。然后，厂方依据初审方案找到了一个投资方，并与其签订了出让协议。投资方未办理规划管理审批手续即开工建设。在完成基础和地下一层结构工程时，受到城市规划行政主管部门查处。 城市规划行政主管部门应如何处理该工程？投资方应办理哪些审批手续？

某市市中心有一污染严重的工厂，占地3.2公顷，依据经市政府批准的该地区控制性详细规划，该厂应予搬迁，拟改为商业用地。厂方根据控制性详细规划提出的改建方案经城市规划行政主管部门初审认为可行。然后，厂方依据初审方案找到了一个投资方，并与其签订了出让协议。投资方未办理规划管理审批手续即开工建设。在完成基础和地下一层结构工程时，受到城市规划行政主管部门查处。
城市规划行政主管部门应如何处理该工程？投资方应办理哪些审批手续？